Το γεγονός πως τα συμπληρώματα διατροφής διατίθενται ως κάψουλα ή ταμπλέτα κάνει πολύ κόσμο να τα ονομάζει «φάρμακα» ή να τα μπερδεύει με τα φάρμακα. Πρέπει λοιπόν να ξεκαθαρίσουμε ευθύς εξαρχής: Τα φυσικά συμπληρώματα διατροφής καλής ποιότητας ΔΕΝ είναι φάρμακα. Οι διαφορές των φυσικών συμπληρωμάτων και των φαρμάκων είναι οι εξής:

Τα συμπληρώματα διατροφής καλής ποιότητας ανήκουν στον διατροφικό κύκλο του ανθρώπου και αυτό σημαίνει πως τα κύτταρά μας είναι εξοικειωμένα με τα στοιχεία που περιέχουν και γι' αυτό μπορούν και να τα αφομομιώνουν. Αντίθετα, τα χημικά συμπληρώματα διατροφής έχουν πρωτοδημιουργηθεί σε ένα εργαστήριο και το σώμα δεν έχει «ξανασυναντηθεί» μαζί τους σε κυτταρικό επίπεδο και έτσι δεν μπορεί να τα "αφομοιώσει", δηλαδή να τα θεωρήσει ως "όμοιά" του.  Ό,τι ο οργανισμός δεν αναγνωρίζει δεν το αφομοιώνει ή, στην προσπάθειά του να το αφομοιώσει, αντιδρά με αρνητικά συμπτώματα (αλλεργίες, δυσανεξία).

Τα φάρμακα επιτελούν τον σκοπό τους άμεσα, πηγαίνοντας κατευθείαν στον στόχο και αδιαφορώντας για τις "παράπλευρες απώλειες" (παρενέργειες). Σε αντίθεση, τα συμπληρώματα διατροφής είναι φυσική τροφή, η οποία αφομοιώνεται από τον οργανισμό και τα θεραπευτικά της αποτελέσματα εκδηλώνονται με φυσικούς ρυθμούς, μέσα από τις φυσιολογικές διεργασίες. Για παράδειγμα, ένα αγγειοδιασταλτικό φάρμακο, για να κατεβάσει την αρτηριακή πίεση, κάνει άμεση αγγειοδιαστολή, ίσως και σε λίγα δευτερόλεπτα. Ενώ το συμπλήρωμα διατροφής ωθεί τον οργανισμό να αυτορυθμίσει την αρτηριακή του πίεση. Με τον ίδιο τρόπο, τα αντιβιοτικά φάρμακα εξουδετερώνουν κάποιον μικροοργανισμό άμεσα, αλλά ταυτόχρονα, καταστρέφουν και ένα πολύ μεγάλο μέρος των φιλικών μικροοργανισμών που υπάρχουν στο γαστρεντερικό σύστημα. Ενώ π.χ. η φυσική βιταμίνη C καλής ποιότητας ενισχύει το ανοσοποιητικό σύστημα, όπως και το εκχύλισμα σπόρων γκρέιπφρουτ εξουδετερώνει μεγάλη γκάμα μικροοργανισμών χωρίς να καταστρέφει την φιλική χλωρίδα του εντέρου.